Het OP-Zuid programma onderscheidt drie zogenaamde prioriteiten om haar doelstellingen te realiseren. Binnen deze prioriteiten is het mogelijk om subsidieaanvragen in te dienen.

Prioriteit 1: Kenniseconomie, ondernemerschap en innovatie (inclusief MKB-subsidies)
Deze prioriteit richt zich op het versterken van de innovatiekracht van de Zuid-Nederlandse economie en het verder versterken en uitbouwen van de positie van Zuid-Nederland als toptechnologische regio.

Prioriteit 2: Attractieve regio's
Hoofddoelstelling van deze prioriteit is het versterken van het vestigingsklimaat van Zuid-Nederland aansluitend op de strategische lijnen uit de regionale innovatieagenda's. Specifiek richt deze prioriteit zich op thema’s als bereikbaarheid, de kwaliteit van bedrijfslocaties, woon- en leefklimaat en de externe veiligheid.

Prioriteit 3: Stedelijke dimensie
Prioriteit 3 wil een bijdrage leveren aan een veilige en aantrekkelijke woon- en werkomgeving voor alle bewoners van de 9 GSB-steden. In Zuid-Nederland zijn dit: Breda, Tilburg, 's-Hertogenbosch, Eindhoven, Helmond, Venlo, Sittard-Geleen, Heerlen en Maastricht.